ولایت فقیه جزء لاینفک حکومت اسلامی است و اصولاً مشروعیت حکومت بسته به حضور فقیه جامع‌الشرایط در رأس امور است، تا ناظر بر اجرای احکام اسلام به‌طرز صحیح باشد. با ظهور انقلاب و برقراری نظام اسلامی در ایران، اصل ولایت فقیه، به‌عنوان یکی از ارکان نظام به تصویب مجلس خبرگان قانون اساسی رسید.
ولایت فقیه مورد تایید انجمن، ولایت عامه مراجع است؛ یعنی همه مراجع ولایت دارند، ایشان هم ولایت دارد و مشروعیت رهبری از کانال بقیه مراجع است و اعتقادی به ولی فقیه به‌عنوان رهبر جامعه اسلامی برای تشکیل و ساماندهی حکومت ندارند که در همین راستا مسئول انجمن آقای حلبی می گوید:
«…اول شما یک افسر و یک پیشوا و یک رهبر معصوم پیدا کنید، یک رهبری که بتواند اداره اجتماع کند، روی نقطه عصمت، نه عدالت، عدالت کافی نیست و ادامه می دهد، الان هم می‌گویید حکومت اسلامی خوب است، شما آن مصداق حاکم اسلامی را نشان بدهی، اونی که معصوم از خطا باشد، نشان بدهید. رهبر و ولی و حاکم جامعه فقط باید معصوم باشد، عدالت تنها کافی نیست. عصمت هم می خواهد.»
در نگاه انجمن تزاحم بین نظر مراجع و رهبری به بحث تقلید و تکلیف برمی‌گردد، در حالی که در دیدگاه حضرت امام خمینی (ره) در موارد اختلافی؛ نظر ولی فقیه اولی بر نظر مراجع است. در دیدگاه انجمن حجتیه، مرجع برای غسل، نماز، وضو و … است و اعمال فردی، نه اعمال اجتماعی همچون جهاد، امر به معروف و حکومت که ریشه این نگاه در تفکر جدایی دین در سیاست آن‌ها دارد. در صورتی که از دیدگاه امام خمینی (ره) از شرایط مرجع، داشتن بینش سیاسی و اجتماعی است.
همچنین انجمن با چاپ کتبی تحت عنوان «من لا یحضره الخطیب» (جلد دوم) در بحث ولایت مطلقه؛ بیعت با غیرمعصوم را حرام دانسته و بیعت قبل از ظهور حضرت مهدی (عج) را بیعت با کفر دانسته است و ادعای زمامداری ولایت فقیه را محکوم به بطلان دانسته است.
انجمن حجتیه تنها مراجعی را مورد تایید می‌داند که در امور سیاسی مداخله نکنند، هر چند به نظر مراجع عمل نکنند اگر مطالبی منطبق با نظرات انجمن اظهار نمایند، بزرگ‌نمایی شده و سخنان آنان به‌طور گسترده تکثیر می‌گردد.
انجمن حجتیه حس مخالفت با ولایت فقیه در مقابل ولایت عامه فقها را مطرح می‌کند و اینگونه عنوان می‌کند که اسلام، دنبال حکومت نبود بلکه مکتب انسان‌سازی است. هیچکس بعد از پیامبر اکرم (ص) به جز ائمه معصومین علیه السلام حق حکومت بر مردم را به‌نام اسلام ندارد؛ چون حاکم اسلامی باید معصوم باشد تا هیچ‌گونه اشتباهی نداشته باشد.
همچنین انجمن در تفسیر آیه «اطیعوا الله و اطیعوا الرسول و اولی الامر منکم» می‌گوید: کسی جز ائمه (ع) مصداق این آیه نیستند، چون معصوم نیستند و به همین دلیل خطا و اشتباه از آن‌هاسر می‌زند و گفته و اعمالشان قابل اعتماد نیست.
در آخر باید عنوان نمود که انجمن حجتیه به هیچ وجه با روحانیون ارتباط و تعامل ندارد و به روحانیت به‌عنوان ابزاری برای رسیدن به اهداف شوم خود نگاه می‌نماید و در واقع، به‌دنبال استفاده ابزاری از جایگاه روحانیت در بین مردم می‌باشد که با بررسی تاریخچه انجمن حجتیه و سیر مسئولین آن می‌بینید که در آن فقط آقای حلبی روحانی بوده و بقیه مسئولان آن جزو افراد غیرمعمم بوده‌اند.